ФГВБ се управлява от петчленен Управителен съвет (УС). Председателят на УС се определя от Министерския съвет, заместник-председателят – от УС на Българската народна банка, един член – от Асоциацията на банките в България, и двама членове – съвместно от председателя и заместник-председателя на УС на ФГВБ.